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在Matlab中实现矩阵序列的高效计算代码——Ripser:用于Vietoris-Rips持久性条形码
资源介绍
矩阵序列matlab代码抢劫者
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描述
Ripser是用于计算Vietoris-Rips持久性条形码的精益C
++代码。
它可以做这件事,但是做得非常好。
要观看Ripser功能的实时演示,请转到。
计算在浏览器内部进行(用于将Ripser编译为,在最近的浏览器中受支持)。
Ripser的主要功能:
节省时间和内存
一个C
++文件中只有大约1000行代码
支持素有限域中的系数
没有外部依赖项(对Google的[sparsehash]的可选支持)
目前,Ripser在计算时间上胜过其他代码(,,,,)超过40倍,而在存储效率方面则超过15倍(例如在处链接的示例)。
(请注意,其中不包含用于生成Vietoris-Rips过滤的代码)。
Ripser当前支持的输入格式:
逗号分隔值下三角距离矩阵
逗号分隔值的上三角距离矩阵(函数pdist
MATLAB输出)
逗号分隔值全距离矩阵
距离矩阵数据
稀疏三元组格式的稀疏距离矩阵
二元下三角距离矩阵
点云数据
Ripser的效率基于一些重要的概念和原则,并基于其他研究人员在计算拓扑结构方面先前和同时进行的重要开发: