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配方存储库pooled-cell-painting-profiling-recipe,专为基于图像分析的池化细胞绘画实验设计
资源介绍
合并单元格绘画-基于图像的分析管道配方 :woman::cooking: :man::cooking:
汇总单元绘画数据的分步数据处理管道。
原料
数据是科学的主要成分。在这里,我们的数据来自“合并细胞绘画”实验。
在这些实验中,数据是数千个.csv文件,这些文件存储了来自数百万个单细胞的元数据和形态学测量结果。
数据成分有两种基本类型:
细胞
斑点
Cells成分代表每个分割的单个细胞的各个细胞区室的形态学测量值。 Spots成分代表用于“细胞呼叫”的原位测序(ISS)结果。细胞呼叫是使用ISS在细胞Spots内读取的条形码序列,将特定CRISPR扰动分配给单个细胞的过程。因为实验是“汇集的”,所以单个Kong中存在成千上万的CRISPR条码。
目前,这两种数据成分的测量都是由CellProfiler软件进行的(使用定制的Pooled Cell Painting插件)。
配方步骤
所有食谱还包括针对每个食谱的特定说明或步骤。
我们的食谱