资源介绍
卤化酶
该存储库提供了黄素依赖性色氨酸卤化酶（Trp-FDH）的配置文件隐藏马尔可夫模型（pHMM）和用于过滤pHMM搜索结果的Python脚本。
预装程序
带有argparse库的Python 2.7.12或更高版本
HMMER3.0软件包版本3.1b2或更高
pHMM搜索的过滤结果
pHMM搜索
要执行pHMM搜索，将HMMER3.0软件包中的hmmscan与“ --domtblout”选项一起使用。
查询应作为蛋白质序列包含在FASTA格式文件中。
USAGE:
$ hmmscan --domtblout output_file_name.domtblout pHMM/Trp_FDH.hmm query.fasta
筛选.domtblout文件
要过滤.domtblout文件，请使用code/domtblout_filtering.py 。
根据e值和pHMM模型覆盖率的阈值，
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