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GEM quantification in Matlab: 自相关代码实现
资源介绍
matlab自相关代码自述文件
3个重要的脚本://GEM_analysis_with_dialog.m-弹出文件输入对话框(不需要在脚本中设置)GEM_analysis_no_dialog.m-不带对话框,运行速度更快,直接在脚本Combine_CDF.m中设置输入-可以将同一条件下不同条件的CDF图绘制并组合成一个函数
斐济TrackMate
在使用这些脚本之前,您需要从TrackMate生成的轨道:
有用的链接:Trackmate手册:
在斐济堆叠订单XYTCZ上打开图像,并拆分通道裁切ROI
打开TrackMate插件->跟踪->
TrackMate
使用以下参数:时间间隔-根据成像时间/否设置。
的帧数选择“
DoG检测器”估计的斑点直径:0.4微米阈值:〜0.4-0.6(可变)选中“使用中值滤波器”和“进行子像素定位”->预览以检查阈值初始阈值:考虑所有斑点,注意减少注册的斑点数选择视图:Hyperstack
Displayer在斑点上设置过滤器:我选择统一的颜色选择跟踪器:简单的LAP跟踪器(不允许轨道拆分和合并)简单的LAP跟踪器(基于Delarue纸的参数)链接最大距