Beast 2 插件成功实现了基于 Lie Markov 模型的 DNA 进化卓越配对功能，即 BeastLieMarkov

野兽谎言马尔科夫 Beast 2 插件实现了 DNA 进化的杰出配对 Lie Markov 模型 有关模型的描述和讨论，请参阅论文 ( )“与异质替代率一致的系统发育模型的新层次结构”，作者：Michael D. Woodhams、Jesús Fernández-Sánchez、Jeremy G .萨姆纳。 （在撰写本文时，已提交给同行评审的期刊。） 如果您只想使用该插件，请下载 LMM.addon.v.zip（在“发布”下）并正常解压 Beast2 插件。 除了作为 Beast2 插件外，它还旨在作为 Lie Markov 模型的参考实现。 随意剪切和粘贴代码 (LGPL v2.1) 或将其用作您自己实现的指南/比较。 感谢 Remco Bouckaert 在 Beast2 集成方面提供的广泛帮助。