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基于MERFISH图像的高通量筛选软件:matlab提取文件要素代码-MERFISH-based-screening
资源介绍
matlab提取文件要素代码高通量序列函数分析代码
该项目包含图像和序列分析代码,以便使用MERFISH进行合并筛选,以鉴定单个细胞中的基因型,如
请检查github.com/ZhuangLab以获取此代码的最新版本。
可以在zhuang.harvard.edu/merfish.html上找到示例数据。
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Python图像分析-----
该分析软件用于将图像分割成多个单元格,从每个单元格中提取条形码,并分析细胞表型。
该分析软件以面向对象的方式编写,位于核心目录中。
通过core
\
experiment.py控制分析,该分析采用以下参数:
ImagingExperiment-.dax格式的成像数据的路径sequenceExperiment-根序列分析文件夹的路径sequenceLibrary-文件夹sequenceExperiment中的目录,其中存在来自序列分析的BCtoAA.mat参数parameterFile-json格式的文件,包含以下参数:
position_file-txt文件的名称,该文件包含一个显微镜载物台位置的列表,其中每个成像回合都采集图像cell_tr