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生物序列中的序列和结构基元学习,借助卷积神经网络实现,类别标识为leetcode-pysster
资源介绍
颜色分类leetcode
pysster:一个序列结构分类器
使用卷积神经网络学习生物序列中的序列和结构基元
pysster
是一个
Python
包,用于在生物序列数据上训练和解释卷积神经网络。
序列按学习序列(和可选的结构)模体分类,该包提供合理的默认参数、超参数优化程序和可视化学习模体的选项。
该软件包的主要特点是:
多类和单标签或多标签分类
超参数调整(网格搜索)
从位置和类别丰富以及主题共现方面对学习主题的解释
支持输入字符串超过用户定义的字母表(例如适用于
DNA、RNA、蛋白质数据)
可选使用结构信息、手工特征和循环层
无缝
CPU
或
GPU
计算
如果您发现我们的工具对您的工作有用,请引用随附的生物信息学论文
()。
如果您遇到错误、缺少文档或有功能请求,请随时提出问题。
安装
pysster
与
Python
3.5+
兼容,可以从
PyPI
或
GitHub
安装。
从
GitHub
安装最新版本:
git
clone
https://github.com/budach/pysster.git
cd
pysster
pip3
install
.
从
PyPI
安装