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一种贝叶斯方法BayesianEstimatorSelfing,旨在估计自我受精率及其它交配系统参数
资源介绍
贝叶斯自估计(BES)
BES是一个软件包,用于从基因型数据估算自我受精(自交)率和其他交配系统参数。 BES使用马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)估计贝叶斯框架中的参数。
BES包含一个通用模型,用于独立于交配系统来估计自交率和突变率。 BES还包含以下模型
纯雌雄同体
雌雄同体(雌雄同体+雄性)
妇科(雌雄同体+女性)
需要额外的非遗传信息,例如对雌性或雄性数目的现场观察,以估计交配系统参数。
见和。
更强大的估算器
通过估计不是由于自交引起的杂合损失(f)以及自交率(s或s *),BES版本0.1.3已更改为更健壮。 您可以通过将f设置为0来禁用此功能。但是,在不允许额外的杂合性损失来源的情况下,对自交率的估计可能太高,因为他们认为自交是杂合性降低的唯一来源。
非自交近交模型假设自交个体的前两个近交祖先的两个等位基因具有相同的概率f,并且独立于基因库被抽取的概率(1-f)。