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Cytoscape_workflows: 一套包含各类不同Cytoscape工作流程的笔记本集合
资源介绍
Cytoscape工作流程
作为R的工作流的集合笔记本使用R中的功能来处理数据，并使用cyRest直接与Cytoscape通信。
浓缩地图管道
一组R笔记本，用于将表达数据转换为排名列表，并通过Pathay富集管道运行它们。 途径富集分析有助于获得对通常由基因组规模（–组学）实验产生的大型基因列表的机械洞察力。 它确定了比预期多得多的基因列表中丰富的生物途径。 我们解释了途径富集分析，并提出了实用的分步指南来帮助解释基因列表。 该协议是为没有经过生物信息学培训的生物学家设计的，并使用了包括g：Profiler，GSEA，Cytoscape和Enrichment Map在内的免费软件。
主要管道步骤
-R笔记本向您展示了如何下载传统微阵列和rnaseq卵巢癌数据。 可以修改笔记本以从GDC下载任何数据
将原始RNASeq表达数据转换为排名列表
将RMA标准化的微阵列表达数据转换为排名列表
使
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