-
单细胞RNA-seq的SAFE（Ensemble的单细胞聚合聚类）：包含k-means聚类算法及MATLAB代码的SAFEclustering
资源介绍
k-means聚类算法及matlab代码安全聚类
SAFE（来自Ensemble的单细胞聚合聚类）：单细胞RNA-seq数据的聚类集成
尽管最近已经开发出几种方法来使用单细胞RNA-seq（scRNA-Seq）数据对细胞类型进行聚类，但它们利用了数据的不同特征，并且在聚类数量和实际聚类分配方面均产生了不同的结果。
在这里，我们介绍了SAFE聚类，单细胞聚合（来自Ensemble）聚类，这是一种灵活，准确且可靠的聚类scRNA-Seq数据的方法。
SAFE聚类将多种聚类方法的结果作为输入，以构建一个共识解决方案。
SAFE聚类目前嵌入了四种最先进的方法，即SC3，CIDR，Seurat和t-SNE
+
k
-means。
并使用三种基于超图的分区算法将这四种方法的解决方案整合在一起。
SAFE聚类由Yuchen
Yang
[]和Yun
Yun
[]维护。
新闻与更新
2020年9月7日
2.00版已发布
SAFEclustering中使用的Seuart版本已更新为版本3。Seuratv.2不再兼容
SAFE聚类仅接受计数数据。
其他格式，例如FPKM，CPM和RPKM不再兼容
2018年