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滑动窗dnds分析被命名为omega_analysis
资源介绍
omega_analysis
我们将研究果蝇系统发育中多个基因的滑动窗口的dN / dS比。
我们将使用codeml从，以便做到这一点。
CPR本地路径： /Users/rele.c/Downloads/omega_analysis
添加文件
在model_data ，使用您的基因名称创建一个目录，确保它是唯一的。
在您的基因中建立以下子目录：
ctl_files ：空，运行需要
images ：包含图片的TIFF
raw_data ：包含模型的原始数据。
每个文件的raw_data将包含两个文件，一个是的MSA aln ，另一个是nwk的树的子集。
请将您的aln文件命名为： .msa.aln 。在文件中，请确保从标头中删除基因名称和转录本。唯一的名称应该是程序集的名称。
请将您的nwk文件命名为： .nwk 。我们可能必须更改nwk的格