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scTDA是一款面向对象的Python库,专注于对高通量单细胞RNA-seq数据进行拓扑数据分析
资源介绍
TDA
scTDA是面向对象的python库,用于对高通量单细胞RNA-seq数据进行拓扑数据分析。 它包括用于根据拓扑表示对单细胞RNA-seq数据进行预处理,分析和探索的工具。
安装
要安装scTDA,请运行:
pip install scTDA
另外,要安装最新版本,您可以下载源代码并运行:
python setup.py install
为了获得最佳的可视化结果,强烈建议安装Graphviz工具和PyGraphviz。
码头工人
可以在运行以下命令的情况下获得具有完全配置的jupyter笔记本环境和scTDA的Docker容器:
docker pull pcamara/sctda
要开始使用图像,请执行以下操作:
docker run -it -v /path/to/your/working/directory:/home/jovyan/work --rm -p 8