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scTDA是一款面向对象的Python库,专注于对高通量单细胞RNA-seq数据进行拓扑数据分析

  • 更新:2024-09-07 10:22:14
  • 大小:3.47MB
  • 推荐:★★★★★
  • 来源:网友上传分享
  • 类别:其它 - 开发技术
  • 格式:ZIP

资源介绍

TDA scTDA是面向对象的python库,用于对高通量单细胞RNA-seq数据进行拓扑数据分析。 它包括用于根据拓扑表示对单细胞RNA-seq数据进行预处理,分析和探索的工具。 安装 要安装scTDA,请运行: pip install scTDA 另外,要安装最新版本,您可以下载源代码并运行: python setup.py install 为了获得最佳的可视化结果,强烈建议安装Graphviz工具和PyGraphviz。 码头工人 可以在运行以下命令的情况下获得具有完全配置的jupyter笔记本环境和scTDA的Docker容器: docker pull pcamara/sctda 要开始使用图像,请执行以下操作: docker run -it -v /path/to/your/working/directory:/home/jovyan/work --rm -p 8