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DSMZ中进行元基因组合并的Slurm工作流程被称为maxbin2_checkm_slurm_illumina
资源介绍
maxbin2_checkm_slurm_illumina
Slurm工作流程，用于DSMZ中的元基因组合并。此脚本依赖于Slurm调度程序来协调计算机资源。它汇集了几种生物信息学工具，并且在中间增加了重要的一步：过滤引物二聚体（“鲤鱼”序列）。
先决条件
饮
镰刀
梅加希特
Maxbin2
领结2
Samtools
MetaBat2
编造
Checkm
DAS工具
所有特定于管道的工具都已经安装在DSMZ的“合并”环境中。要使用合并环境。在您的〜/ .condarc中添加以下两行
envs_dirs:
- /opt/hpcopt/sixing/anaconda3/envs
您可能需要重新启动终端才能继续。
然后测试环境是否可用，通过在终端中发出以下命令来激活“ binning”环境
conda activate binning
正在安装
请编译并将其添加到路径中。
脚本无需安