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在matlab中集成c代码以实现scones功能:选取期望的解释性SNP
资源介绍
Matlab集成的c代码司康饼
(S之选精读nectedËxplanatory小号NPS)
概括
实现以下方法的MATLAB代码:
C.-A.
Azencott,D.Grimm,M.Sugiyama,Y.Kawahara和K.Borgwardt(2013)带有图割的高效网络引导多位点关联映射,生物信息学29(13),i171-i179
相关工作和资料库
EasyGWAS
:SConES已集成到GWAS数据的分析和元分析框架。
特别是,它提供了Python接口。
sfan
:关于特征选择部分(即在处理了GWAS数据并为SNP评分之后),使用了不同的(更快的)maxflow解算器,该模型用Python编写,并且还包含了建议的多任务版本
杉山M.
Azencott,D.Grimm,Y.Kawahara和K.Borgwardt(2014)通过最大流量在多个网络上进行多任务功能选择,
SIAM
ICDM
,199-207
MultiSConeS
:有关此多任务版本的原始版本,请参见。
演示:
在code文件夹中,有一个MATLAB脚本demo.m
要运行演示,请启动MATLAB并输入:
demo
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