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Matlab源代码实现DFT计算:QM_descriptors_calculation
资源介绍
DFT的matlab源代码QM_descriptors_calculation
该存储库包含一个QM描述符生成器,该生成器会自动计算原子/键描述符,例如部分费用,fukui指数和键指数。
要求
尽管可以在普通台式机上运行所有代码,但HPC使计算速度大大加快。
要运行代码,您将需要:
的Python
3.7
rdkit
2019
大熊猫
Grimme的GFN2-xtb
用于人群分析的NBO,有关NBO配置的信息,请参见:
G16用于SCF计算。
前三个可以通过以下conda环境安装。
安装
从安装Miniconda
通过以下方式为QM_descriptor创建conda环境:
conda
env
create
-f
environment.yml
source
activate
QM_descriptors
用法
要计算QM描述符,请运行:
python
main.py
--smiles
<input.csv>
有关可选标志的列表,请运行:
python
main.py
-h
需要在main.py中指定两个路径:
XTB_PATH
=
'$GFN_XTB_PATH'
G16_PATH