In silico PCR命令行工具ST131Typer，用于识别和键入大肠杆菌ST131

ST131Typer 用于键入大肠杆菌ST131的In silico PCR命令行工具 描述 ST131Typer是一个简单的Bash shell脚本，它利用函数来检测大肠杆菌序列类型（ST）131，并从全基因组序列（WGS）装配中表征其关键的亚克隆。 该工具是开发的体外多重PCR分析的计算机版本 。 该测定法可解析ST131中的15个不同分子子集，包括ST131进化枝A（或H 41子克隆）中的3个，进化枝B（或H 22子克隆）中的5个和进化枝C（或H 30子克隆）中的7个。 ，包括亚克隆C0（或H 30S：2个子集），C1和C1-M27（或H 30R1：2个子集）和C2（或H 30Rx：3个子集）。 具体来说，该工具使用引物序列靶向mdh36 ， gyrB47 ， trpA72 ， sbmA ， plsB ， nupC ， rmuC ， kefC ， ybbW ，O16和O25b