FindTelomeres是一个用于在FASTA文件中搜索端粒重复序列TTAGGGCCCTAA的Python脚本

这个脚本做什么？ 这是用于在FASTA文件中查找端粒重复序列（TTAGGG / CCCTAA）的工具。 该脚本不做什么？ 它只会在序列的开头和结尾寻找端粒。 它仅查找TTAGGG / CCCTAA重复序列的变体。 它是如何做到的？ 它以FASTA文件作为输入，并逐一遍历其中的序列。 在每个序列的开头和结尾，它都会忽略N（未知碱基）。 对于每个序列，它将查看前（最后）50个核苷酸，并评估端粒重复覆盖了该序列的多少。 这是故意灵活的，以允许测序错误和端粒基序的序列/长度变化。 更具体地说，如果前50个核苷酸中至少有50％被端粒重复序列覆盖，则将其称为端粒。 在大多数情况下，默认设置50％（-c /-cutoff）和50 nts（-w /-window）似乎效果很好。 一些端粒可能很短，或者与典型的TTAGGG / CCCTAA基序不同。 使用这些参数，它们很可能会被恢复。 但是，可以