-
在本地工作站上，采用实时碱基检测技术进行SARS-CoV-2测序的管道位于Pappenheim
资源介绍
Pappenheim ONT-SARS-CoV-2（工作中）
用于通过实时碱基检出（GPU）在本地工作站上对SARS-CoV-2进行排序的管道。 该管道基于snakemake，并使用conda。 所有中间产出都是很重要的。
安装
安装conda（如果尚未安装）：
cd ~
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
我们建议使用mamba（conda内部）将软件包安装到miniconda环境中。
conda install mamba -n base -c conda-forge
克隆此存储库并安装snakemake
#