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用于分析Nanostring-WTA数据的方法,同时顾及了背景绑定等常见噪声源的处理,即CountCorrect
资源介绍
InSituCellTools(isctools)
使用概率生成模型和变异推论来分析NanostringWTA和其他基于探针的空间转录组学数据的方法。
配置环境
您需要安装miniconda并创建一个包含pymc3和theano的conda环境,准备在GPU上使用。 请按照以下步骤操作:
如果没有conda,请先安装Miniconda:
cd /path/to/software
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# use prefix /path/to/software/miniconda3
使用所需的软件包创建conda环境
conda create -n cellpymc python
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