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Matlab代码CountmRNA.jl实现数据融合，旨在追踪细胞并计算每个细胞内部的mRNA数量
资源介绍
数据融合matlab代码CountmRNA.jl
我们的基因噪声调制项目使用旋转盘共聚焦拍摄了一系列3D活细胞荧光延时图像。
我们旨在统计基因表达过程中每个核内的mRNA数量。
由于其他许多研究工作，我们应用和调整算法来分割每个轨迹，提取细胞核，然后识别mRNA。
该算法具有形态学处理功能。
Julia代码中有我们的算法。
您可以*采取任何措施来帮助您的学习！
即使您不在乎算法，如果您与imaris
/
imagej一起工作，
julia2ims.jl和tiffxml.jl也可以节省您的时间。
以NLS为前缀的红色荧光被表达来标记细胞核，而mRNA则更亮。
我们使用Andor旋转盘显微镜，60x
TIRF物镜，Hamamatsus
Ocra
Fusion
4（roi
1900x1300）。
每个位置捕获20个z切片和大约110个时间点（〜18小时）。
档案文件
名称
描述
splitcell.jl
使用高斯拉普拉斯（LoG）滤镜从原始3D图像中提取核
世系
使用连接的组件查找每个轨道并使用分水岭进行拆分
segmentation3d.jl
使用Otsu的方法对3d核进行阈值处理
标准