资源介绍
管道GBS
基于GBS-SNP-Crop的snakemake管道得到进一步扩展。
配置
管道参数配置在文件中进行
GBS-pipeline_config.yaml (这里有一个示例: GBS-pipeline_config-example.yaml )
此外,此处定义了对计算集群重要的设置:
GBS-pipeline_server-config.yaml (例如: GBS-pipeline_puhti-config.yaml )
启动管道
在开始管道之前,请确保已创建此文件中定义的相应的conda环境。
GBS.yaml
创建环境后,就可以开始使用了。
要启动管道,只需键入
bash runGBSPipeline-example.sh
您可以通过运行启动空运行
bash runGBSPipeline-example.sh -np
当前状态
该管道目前正在积极开发中,可能无法
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