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SIS流行病模型的Stochastic仿真MATLAB代码实现,采用Gillespie算法进行模拟
资源介绍
sis数学模型MATLAB代码随机SIS
使用Gillespie算法(MATLAB)进行SIS流行病模型模拟
这些文件是为在蒙特克莱尔州立大学数学科学系的Eric
Forgoston博士的指导下进行的学术研究而创建的。
所述研究的目的是探索“预警信号”的理论及其在具有Allee效应的数学流行病学和人口模型中的应用,从而允许研究影响这些动态系统行为的控制机制。
在此存储库中找到的代码中选择和实现的模型(在MATLAB和FORTRAN中)均遵循SIS(易感感染易感染)流行模型。
本文发现的模拟是通过采用Gillespie算法模拟随机流行病学数据来完成的。
Gillespie_SIS_V3是主要的模拟文件。
它绘制了模拟结果,并允许用户在给定点“脉动”总体。
Gillespie_SIS_V6与V3相似,但仅用于生成预定数量的时间序列。
Gillespie_SIS_V7与V3相似,但是,当自相关值达到统计阈值时,就会发生脉冲。
这是通过读取包含所述值(从R导入)的.csv文件来实现的。
Gillespie_SIS_V5是V3的FORTRAN版本,没有实施控制措施。